建房证与土地使用权不同，前者是允许建房的凭证，后者是土地使用权利证明。依据相关土地法律法规，土地使用权是合法使用土地的基础，涉及土地的占有、使用、收益等权益。若无合法土地使用权，建房行为可能违法，会面临法律后果。
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建房证与土地使用权区别为：功能和使用阶段不同。土地使用权是确认土地使用权利的基础，需先办理；建房证是在已有土地使用权的基础上，进一步申请建房的许可。具体操作：1. 向土地管理部门申请土地使用权证；2. 根据土地规划和用途，向建设部门申请建房证。
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处理建房证和土地使用权问题，常见方式包括：1. 确认土地使用权属，办理土地使用权证；2. 根据土地性质和规划，申请建房证。选择处理方式时，需先确保土地使用的合法性，再依规申请建房，以确保整个建设过程的合规性。