员工停薪留职两年后被辞退，补偿按工作年限计。依据《劳动合同法》，经济补偿按工作年限，满一年一个月工资，不满按相应比例。未及时处理可能导致劳动纠纷。
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员工被辞退补偿方式通常按工作年限计算。选择处理方式时，应依据劳动合同及实际工作年限，合理确定补偿月数和金额，确保合法合规。
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辞退补偿按工龄算。操作：1.确定员工实际工作年限；2.根据年限计算补偿月数，满一年一个月，不满按比例；3.核算月工资标准，计算总补偿金；4.与员工沟通确认，签订补偿协议。