老板将工程款打入农保卡可能涉及违规操作。
分析：工程款通常应支付至公司账户或个人商业账户，而非社保卡。农保卡主要用于社会保障相关事务，将工程款打入此类账户可能涉及偷税漏税、资金挪用等违法行为。
提醒：若工程款频繁或大额打入农保卡，且未说明合理理由，可能表明存在严重财务违规，应及时咨询律师或相关部门。
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具体操作：
1. **沟通阶段**：与老板明确工程款应支付的正规账户，要求解释为何选择农保卡，并要求立即更正。
2. **举报阶段**：收集相关证据，如转账记录、工程合同等，向当地税务部门提交书面举报材料，详细说明情况。
3. **法律咨询阶段**：向律师提供完整的事件经过、相关证据及与老板的沟通记录。律师将评估个人是否涉及违法责任，以及如何通过法律途径追回工程款或保护自身权益。在律师指导下，可能涉及起诉老板或参与税务部门的调查过程。

请注意，在处理此类问题时，保持冷静，确保所有行动均符合法律法规，避免个人陷入不必要的法律风险。
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处理方式：
从法律角度看，工程款打入农保卡的问题可通过以下方式处理：一是与老板沟通，了解具体原因，并要求更正至合法账户；二是向税务部门举报可能的偷税漏税行为；三是咨询律师，评估个人法律责任及可能的风险。
选择：若沟通无果，且涉及金额较大，建议优先考虑向税务部门举报并咨询律师，以维护自身合法权益。