关于施工工程结算收费，双方确实有一定的自由度来约定收费方式。根据《建设工程施工合同（示范文本）》的相关规定，工程价款结算的方式包括按月结算、分段结算、竣工后一次结算、目标结算方式以及双方在合同中约定的其他方式。这表明，在法律允许的范围内，工程结算的具体收费方式可以由合同双方根据工程实际情况进行协商和约定。
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从法律角度，施工工程结算应遵循以下基本原则：一是合法性原则，结算方式及标准应符合国家法律法规的规定；二是公平性原则，双方权利义务应平衡，避免一方不当得利；三是诚实信用原则，双方应诚实守信，不得故意隐瞒或歪曲事实；四是及时性原则，工程结算应及时进行，避免拖延影响工程进度和双方权益。
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若双方对施工工程结算方式有争议，可首先查阅合同条款，明确约定的结算方式；若无明确约定或约定不明，可尝试通过协商达成一致；协商不成时，可根据《民法典》及相关法律法规，通过调解、仲裁或诉讼等方式解决争议，确保工程结算的顺利进行。